repo: Fix leak with ostree_repo_commit_traverse_iter_init_commit()

I noticed this using `OT_TEST_VALGRIND=1` on `test-basic.sh`.

Closes: #385
Approved by: jlebon

libglnx: bump to latest

OSTree can sometimes print very long lines which lead to many empty
spaces getting printed if the output overflowed the line due to a bug in
libglnx.

Reported-by: Gatis Paeglis <gatis.paeglis@qt.io>
Closes: #406
Approved by: cgwalters

docs/formats: Elaborate a bit on delta from NULL usage

See discussion on ostree-list.

Closes: #402
Approved by: gatispaeglis

build: Make symlink depend on source

Closes: https://github.com/ostreedev/ostree/issues/389
Closes: #400
Approved by: smcv

core: Add allocating b64 checksum functions

The checksum_b64_inplace variants can't be used in bindings. Provide
versions that allocate and return the output rather than working on a
passed in buffer. These can then be used in GI bindings to get the
ostree modified base64 encodings.

Closes: #398
Approved by: cgwalters

lib: Fix version script node ordering

The order of the VERSION nodes is such that the new node name goes first
and the one it depends on goes after the commands. See
https://sourceware.org/binutils/docs/ld/VERSION.html.

Closes: #398
Approved by: cgwalters

README: Fix broken link
Closes: #397
Approved by: cgwalters

Makefile-tests.am: make check uses the built binaries

The tests suite was failing locally as it was using the installed
version of rofiles-fuse, instead of the built one.  Create the needed
symlinks in tests/ as we are already doing for the "ostree" binary.

ostree-prepare-root and ostree-remount added for completeness.

Signed-off-by: Giuseppe Scrivano <gscrivan@redhat.com>
Closes: #395
Approved by: cgwalters

builtins/commit: Switch to using ostree_repo_write_dfd_to_mtree()

Where we're referencing local files.  It's what
ostree_repo_write_directory_to_mtree() is doing internally anyways,
and I consider the `GFile*` based APIs to be generally deprecated for
the most part.

Closes: #394
Approved by: giuseppe

repo: Ensure we set mode for bare-user files before xattrs

When trying to switch ostree to `O_TMPFILE`, I hit the fact that
by default it uses mode `000`.  It still works to write to the
open fd of course, but it *doesn't* work to set xattrs because
that code path for some reason in the kernel checks the mode bits.

This only broke for bare-user repos where we tried to set the xattr
before calling `fchmod()`, so just invert those two operations.

Closes: #391
Approved by: jlebon

Revert "tests/libtest.sh: Print non-matching file on failure"

This reverts commit 71301d18244a3a26a6ba6fd3934633ef94811a15.

I was confused by the fact that the non-matching content was
empty and forgot we already did print it.

Reported-by: smcv
Closes: #390
Approved by: jlebon

tests: Fix karg tests on ostree-booted system

https://github.com/ostreedev/ostree/pull/372 caused these tests to
start failing when the host system is managed using ostree - since the
tests *do* replace the `ostree=` kernel argument.

Closes: #384
Approved by: cgwalters

repo: Fix annotation for ostree_repo_add_gpg_signature_summary

GI needs to know this is a NULL terminated array of gchar or you'll
segfault using it from a binding.

Closes: #387
Approved by: cgwalters

Release 2016.7

Closes: #386
Approved by: jlebon

fetcher: Remove unused GTask structure member

Spotted by mbarnes.

Closes: #383
Approved by: mbarnes

fetcher: Clear all data for session in session thread

Conceptually the session thread owns the session, so let's clear out
everything predictably there, rather than sometimes having it happen
on the main thread.

Also, this moves up clearing the pending/outstanding queues *before*
we unreference the session, since conceptually they need to reference
it as well.

Based on a patch from: Matthew Barnes <mbarnes@redhat.com>

Closes: #383
Approved by: mbarnes

fetcher: Hold a ref to main context for lifetime of thread

I don't think this fixes the bug I was seeing, but it makes me more
comfortable to know we have a strong ref to the main context across
the thread lifetime, and we only unset the default right before
we go away.

If something in `thread_closure_unref()` used
`g_main_context_get_thread_default()` for example it'd be wrong
before.

Closes: #383
Approved by: mbarnes

tests: Add some test coverage of repeated pulls w/HTTP 500s

Systems like pulp may want to keep retrying in a loop if the server
throws a (hopefully transient) 500, and we need test coverage of
handling these errors versus our existing 404 and 206 coverage.

Closes: #383
Approved by: mbarnes

tests/libtest.sh: Print non-matching file on failure

We clean up the temporary directory on failure, which means it's hard
to know *why* a regex didn't match.  Print it when we hit an error.

Closes: #383
Approved by: mbarnes

pull: Free fetch_data by default

This should fix the memory leaks in #352

This is a subset of the changes, the other part is in my pull code rewrite

Closes: #382
Approved by: cgwalters

static-delta-core.c: squash unused var warning

Closes: #379
Approved by: cgwalters

libostree: Fix build failure with glib 2.42

G_DEFINE_AUTOPTR_CLEANUP_FUNC is a new function in GLib 2.44, but
libglnx contains a backported version of it. A few source files were
however using G_DEFINE_AUTOPTR_CLEANUP_FUNC either without including
libglnx.h, or without including it early enough.

This fix is similar to the one in commit d368624.

Closes #376

Closes: #377
Approved by: smcv

docs: Add a section on Docker

This could have a lot more obviously, but just laying down my thoughts
as a starting point.

Closes: #374
Approved by: jlebon

delta: Add --if-not-exists option

I often want to have "idempotent" systems that iterate to a known
state.  If after generating a commit, the system is interrupted, I'd
like the next run to still generate a delta.  But we don't want to
regenerate if one exists, hence this option.

Closes: #375
Approved by: jlebon

build: Override systemd unit directory for distcheck

distcheck tests that all the files are installed under $prefix. That
doesn't work with the systemd unit directory since the path comes from
pkg-config. Override the setting to be under $prefix in that case.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

tests: Improve check for /proc/cmdline kargs

On some systems there may be no root= argument, so the tests for
appending /proc/cmdline arguments will fail. Instead, loop over each of
the arguments in the host's /proc/cmdline and test that they're in the
constructed config file. That will actually test if ostree added all of
the system's /proc/cmdline args correctly. The regex isn't perfect here,
but it's probably good enough for this test.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

tests: Remove extra $CMD_PREFIX from test-auto-summary.sh

$OSTREE already has $CMD_PREFIX in it, so adding it again causes you to
call env twice with LD_PRELOAD.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

build: Distribute libglnx and bsdiff Makefile templates

In order to re-run autogen.sh from the tarball, the libglnx and bsdiff
Makefile templates need to be provided.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

tests: Ensure mutable deployments from libostreetest

When creating sysroots with libostreetest, we don't get the benefit of
the OSTREE_SYSROOT_DEBUG setting in libtest.sh. That means we'll get
immutable deployments that can't be easily cleaned up.

Ensure the environment variable is set before creating new sysroots. It
would be nice to set the debug flags directly, but that's private API
that isn't currently pulled into libostreetest.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

tests: Remove gpg verification files from EXTRA_DIST

Follow on from 70a11189. These files are already disted.

Closes: #372
Approved by: cgwalters

ostree admin switch: fix short summary

Closes: #371
Approved by: cgwalters

checkout: Add an option to require hardlinks

I've seen a few people hit this and wonder why checkouts are slow/take
space.  Really, ensuring this happens is the *point* of OSTree.
Physical copies should be a last resort fallback for very unusual
situations (one of those is rpm-ostree checking out the db since
librpm doesn't know how to read from libostree).

Even I hit the fact that `/var` is a mountpoint disallowing hardlinks
with `/ostree` once and was confused.  =)

Add this to the rofiles-fuse test case because it creates a mount
point.

Closes: #368
Approved by: jlebon

rofiles-fuse: Do allow fchmod/fchown on directories

The program is called ro*files* and ostree creates physical
copies of directories, so changing them is fine.

I hit this when trying to do a copy checkout onto an rofiles-fuse
mount.

Closes: #368
Approved by: jlebon

tests: fail the build if symlinking tests/ostree fails

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #367
Approved by: cgwalters

tests: use our own generated libtool, not the one in $PATH

libtoolize creates a version of libtool for the right architecture
in $(top_builddir), which is guaranteed to be present, and is
guaranteed to match what we are compiling (even during
cross-compilation).

Packaging systems sometimes separate /usr/bin/libtool, which is
specific to one architecture, from the libtool development files
such as libtoolize and ltmain.sh, which are architecture-independent.
For example, in Debian, libtool_*_all.deb contains the files necessary
to libtoolize a package and is depended on by the dh-autoreconf package,
but libtool-bin_*_amd64.deb (or whatever architecture) contains
/usr/bin/libtool and is not normally necessary to depend on.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #367
Approved by: cgwalters

entry_pathname_test_helper: these tests need extended attributes

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #366
Approved by: cgwalters

build-sys: Make libostree-1.so depend on the symbol file

Otherwise one changing it doesn't cause a symbol to be exported.

Closes: #365
Approved by: jlebon

tests: Test partial commits for local remotes

This was broken before, fixed in the previous commit.

Closes: #324
Approved by: yuqi-zhang

pull: Write commitpartial files for local imports too

Just like HTTP fetches, these can be interrupted, so we need to write
the commitpartial files.

Closes: #324
Approved by: yuqi-zhang

refs: resolve conflict between local/remote repos

Add the functionality to use the same name for refs in local and remote
repos. This helps users keep track of local refs of remote origin, much
like local and remote git branches.

Previously, when a local ref is specified, resolve_refspec would fall
back to searching through remote repos if the ref is not found locally.
This function now takes an extra flag to specify whether it should
search through remote repos. Additionally, ostree_repo_resove_rev_ext
was added to call resolve_refspec with fallback_remote being false, so
refs --create would no longer complain when trying to create a local
ref of the same name as a remote one.

Fix remote repo parsing not being handled correctly on refs --create.

Closes: #363
Approved by: jlebon

pull: Correctly handle repo->parent_repo when applying static deltas

In flatpak i was using a parent repo, and it failed to update
with ENOENT when dispatching an set-read-source opcode, because the
object it referenced was in the parent repo.

This fixes that by making _ostree_repo_read_bare_fd look
at parent_repo.

Closes: #362
Approved by: cgwalters

refs: Fix a logic error

I encountered the Opening remotes/ dir error with some broken pull code, and this fixes it.

Closes: #358
Approved by: cgwalters

core: Add OSTREE_OBJECT_TYPE_COMMIT_META

This is cleaner than the loose_path_with_suffix approach

Closes: #359
Approved by: cgwalters

configure: Turn on -Wempty-body

I spent half an hour debugging an extra semicolon,
and this C "feature" is not used at all in ostree

Closes: #359
Approved by: cgwalters

core: Use OSTREE_SHA256_STRING_LEN instead of 64

Closes: #359
Approved by: cgwalters

core: Fix wrong return value docs

ostree_commit_get_parent() returns a string form of a checksum, not a
binary form.

Closes: #360
Approved by: cgwalters

refs: allow overwrite of empty folders

We noticed that once a ref folder is created, there is no existing
command that can remove it. For example, once "foo/bar" is created,
even if the user deletes foo or all the refs under foo, the folder
will persist.

Now when the user attempts to create a ref "foo" either through commit
or refs --create, if a folder "foo" exists but is empty of refs, the
folder is removed and the new ref "foo" is created.

New unit tests in tests-ref.sh verify this functionality.

Closes: #354
Approved by: cgwalters

libglnx porting: Drop uses of gs_file_openat_noatime

We're not really doing the "noatime" thing anymore.

Closes: #341
Approved by: jlebon

lib: Use g_file_enumerator_iterate() if available, with fallback

Import `gs_file_enumerator_iterate()` for the next six months or
so...after RHEL 7.3 is released I'm strongly considering hard
requiring 2.46 or so.

Likely at some point we should figure out how to share more "glib
backport" code with NetworkManager at least.

Closes: #341
Approved by: jlebon

lib: Use sd_journal directly (optionally)

This was the last caller of libgsystem that isn't
`gs_file_get_path_cached()`.  I think the use case ostree has where
the same code can be called via command line and via a shared library
*and* via a daemon is rather unusual, so let's just copy the code for
logging from libgsystem into here.

For example rpm-ostree hard depends on a daemon mode, so it'll just
use `sd_journal` directly.

Closes: #341
Approved by: jlebon

libglnx porting: Use of GSDirFdIterator

This one was pretty simple.  One of the uses in `repo.c` was just a
leftover variable.

Closes: #341
Approved by: jlebon

libostree.sym: Fix test-symbols

The test isn't smart enough to ignore comments, so change the prefix.

Closes: #356
Approved by: jlebon

Release 2016.6

pull: Ensure we always process queue only from main thread

I was easily reproducing a hang on pulls with thousands of requests on
current git master.  The initial symptom seemed to be that there are
multiple code paths where we don't invoke
`session_thread_process_pending_queue()`.  We really need to do
that any time we remove something from the outstanding queue,
to ensure it gets filled again.

A further issue is that we were tying the lifecycle of the pending
object to the `GTask`, but the task could be unref'd from the main
thread (via a `GSource` on the main thread), and that introduced
threadsafety issues, because the hash table and other data suddenly
could be concurrently modified.

Both of these need to be fixed together.  First, we introduce
`Arc<Pending>`, and ensure that both the main and worker threads hold
references.

Second, we ensure that we re-process the queue *immediately* whenever
a task is done, inside the worker thread, rather than doing it
incidentally via an unref.  This architecture is quite similar to what
the outside pull code is doing.

Closes: #350
Approved by: jlebon

tests: Support OT_SKIP_READDIR_RAND

For some reason I'm really not inclined to debug right now, `libtool`
is eating the `-fsanitize=address` argument when linking
`libreaddir-rand.so`, which causes failures since we're trying to
`LD_PRELOAD`.

Closes: #351
Approved by: jlebon

build: Fix libreaddir-rand to honor global CFLAGS

It's unfortunate that in automake one has to explicitly include the globa
`$(AM_CFLAGS)` if one sets `CFLAGS`, and similarly for other variables.

I'm trying to use `-fsanitize=address`, and not including it was
causing linker failures.

We also weren't inheriting the global warnings etc., so I had to fix a
decl-after-statement.

Closes: #351
Approved by: jlebon

manual: Discuss mirroring

This should likely be its own section, but it makes enough sense here
for now too.

Closes: #347
Approved by: yuqi-zhang

repo: Avoid a possible divide by zero in progress

The previous code was subject to a divide by zero if less than a
second had passed.  Rework it so we only do the divide if more than a
second has passed.

Closes: #349
Approved by: Mathnerd314

libglnx porting: delete temp files on failure of file creation

We noticed the temp files being left over in ostree when (mistakenly)
trying to create refs with names in use by folders. This fix removes
temp files created by glnx_file_replace_contents_at on failure.

Closes: #348
Approved by: cgwalters

Add "archive" as an alias for "archive-z2"

I find the "-z2" is really a long ago relic of the past when I changed
the format.  We no longer have anything to do with the original
`archive`, so let's start allowing people to type `--mode=archive`
which just looks saner.

At some point later I'll update the docs too, but it'll be an annoying
transition period as we'll have to say "On older OSTree, use -z2" etc.

Closes: #346
Approved by: giuseppe

manual: Link to mender.io

Came out of a discussion on the list.

Closes: #344
Approved by: jlebon

refs: add "ostree refs --create" and unit tests

Added the ability to create a ref (much like a git tag) for an
existing commit through "ostree refs EXISTING --create=NEWREF".
Previously the only way to create a new ref was by creating a new commit,
but refs --create allows multiple refs to point to the same commit.

The command will fail if:
 - None/more than one existing ref is specified
 - The specified EXISTING tag does not exist, or was not specified
 - The specified NEWREF already exists, or is the name of a folder

Add unit tests in tests-ref.sh to verify above functionality

Closes: #340
Approved by: jlebon

lib: Port some manual close() cleanups to be glnx_fd_close

Just noticed this while reading some code, we didn't have many manual
`out: close()` bits left, this pushes us over the edge to autocleanup
almost everywhere.

Closes: #332
Approved by: jlebon

build: re-create tests/ostree-symlink-stamp if Makefile changes

The filename of the real ostree executable could be either .libs/ostree
or .libs/lt-ostree.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

libostreetest: include libtest.sh from srcdir, not builddir

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

libtest: make gpghome in tmpdir writeable

Otherwise, during "make distcheck" it will be read-only (because it
is a copy of the read-only ${srcdir} with permissions preserved), and
deletion will fail during cleanup.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

build: distribute more test files

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

build: distribute TAP helper scripts in tarballs

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

build: distribute test scripts in tarballs

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

build: distribute libostree.sym in tarballs

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

autogen.sh: rely on VPATH for submodules' Makefile-*.am.inc

This avoids hard-coding the autogen-time ${srcdir} into our build
system, and might fix "make distcheck".

We don't need to specify ${srcdir} explicitly in the various variables,
because Automake always uses make's VPATH feature to look in both
${builddir} and ${srcdir} at build time.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #337
Approved by: cgwalters

Link libreaddir-rand to libdl

It uses dlsym(). There's no point in being extra-portable here
because OSTree only targets Linux anyway.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #336
Approved by: cgwalters

test-sysroot.js: set "strict mode" when sourcing libtest.sh

As with the C tests in commit 08580118, this makes sure the test
fails as soon as something goes wrong.

Signed-off-by: Simon McVittie <smcv@debian.org>
Closes: #335
Approved by: giuseppe

tests: Exit valgrind tests if a leak is detected

This fails the test if OT_TESTS_VALGRIND is set and valgrind
detects a leak.

Closes: #334
Approved by: cgwalters

pull: Fix leak of refs_to_fetch

Closes: #333
Approved by: giuseppe

pull: Fix leaked uri in request_static_delta_superblock_sync

Closes: #333
Approved by: giuseppe

pull: Fix leak of FetchObjectData in some cases

Closes: #333
Approved by: giuseppe

pull: Fix leak of debug temporary strings

Closes: #333
Approved by: giuseppe

libotutil: Fix leak of VariantMapData

Closes: #333
Approved by: giuseppe

tests: Modernize valgrind infrastructure

The recent memleak fixes motivated me to look at the bitrotted code to
run invocations of `ostree` in the test suite underneath valgrind.

There are a few things here.  First, update suppressions file from
libhif, since I recently worked on it.

When running *uninstalled* as we now support, we need
`libtool --mode=execute` in the mix so it expands out to
the uninstalled binary and we don't valgrind the intermediate shell.

However, it's harder than that because we chdir into a tmpdir,
which defeats the libtool logic.  AFAICS, the only fix for this
is to determine the realbin path before we chdir, and then unfortunately
we need to change every use of `ostree` to `${OSTREE}` =(

Then this immediately breaks for me on RHEL7 because my ancient
copy of `valgrind-3.10.0-16.el7.x86_64` is unaware of syscall 306, i.e.
`syncfs`.

But let's do this first before I dive into that.

Closes: #292
Approved by: krnowak

lib: Add OSTREE_SUPPRESS_SYNCFS environment variable

Just to work around valgrind not understanding the `syncfs()` syscall
in EL7 right now.

Closes: #292
Approved by: krnowak

lib: Fix a leak in remote parsing

As the docs say, `g_regex_match()` still allocates a match even if it
returns `FALSE`.  Using `g_autoptr` is just plain better.

Closes: #292
Approved by: krnowak

related-projects: Update with more information and projects

In particular, NixOS has changed somewhat, and Conda is worth
looking at. Also it seems reasonable to mention rpm-ostree /
Gnome Continuous.

Closes: #331
Approved by: cgwalters

docs: Get API docs working again

This changes around a few things that didn't work for me:
* Section names seem to be ostree-* instead of libostree-*
* Also XML files are ostree-* (they didn't show up at all)
- gtk-doc doesn't seem to parse const _OSTREE_PUBLIC correctly
* pull documentation is now on the actual functions rather than stubs
* Update gitignore with some more files

And there some changes to make gtk-doc give fewer warnings (not finished)

Closes: #327
Approved by: cgwalters

pull: Move pull and pull_onedir back into ostree-repo.c

They call pull_with_options, which will fail anyway.

Closes: #327
Approved by: cgwalters

pull: Move libsoup-related code from ostree-repo.c to ostree-repo-pull.c

This centralizes the ifdef's in one file, which will make it
easier to write new pull backends.

ostree-repo-pull.c is now built unconditionally

Closes: #327
Approved by: cgwalters

repo: use OSTREE_TIMESTAMP (=1) for checked-out files

1 is a better choice than 0 because some programs use 0
as a special value; for example, GNU Tar warns of an
"implausibly old timestamp" with 0.

Closes: #330
Approved by: cgwalters

repo: (minor) Drop a GFile usage in signature creation

Just one user of hundreds but, the rest of the function was ported
now.

Closes: #319
Approved by: jlebon

lib: Add a helper for mmap->bytes with openat(), use it in repo

This kills another GSystem consumer...I think down the line I'd like
to do something like "detect whether file is > 1k if so, mmap,
otherwise just readall()" so we can use this helper in more places.

Closes: #319
Approved by: jlebon

lib: Add `_ALLOW_NOENT` flag to internal variant mapping API

We have a lot of "allow_noent" type wrapper functions since
a common pattern is to allow files to not exist, but still
throw cleanly on other issues.

This is another instance of that, and cleans up duplicated error
handling code.

Part of this is prep for moving away from `GFile` consumers.

Closes: #319
Approved by: jlebon

glnx porting: Drop use of gs_file_openat_noatime

As noted previously the "noatime" thing is mostly obsoleted by
relatime.

Closes: #319
Approved by: jlebon

libglnx porting: Drop last use of gs_transfer_out_value()

Closes: #319
Approved by: jlebon

glnx porting: Drop last uses of gs_file_get_basename_cached()

I apparently missed a few uses in the previous porting.

Closes: #319
Approved by: jlebon

repo: Fix build on 32-bit systems

On 32-bit systems the modifier for printing 64bit values should be
%llu instead of %lu. Just use appriopriate macros that do the right
thing.

Closes: #329
Approved by: giuseppe

configure.ac: properly check for bison

The AC_PROG_YACC already does the checking for us, so we don't need to
use AC_CHECK_PROGS (which wasn't working anyway because autoconf didn't
run the check thinking it was cached already from the earlier
AC_PROC_YACC, so we didn't get the default ":" value)

Closes: #325
Approved by: cgwalters

ostree_repo_write_commit: add missing docstring arg

Closes: #325
Approved by: cgwalters

tests/test-pull-c: New test that runs through the pull API via C

We have had in the past issues with running `ostree_repo_pull()`
multiple times in the same process, embarassingly enough.  Nothing in
the current test suite covers this, so let's start.

Closes: #322
Approved by: jlebon

tests: Use strict mode by default for C tests

I was extending the C-based test suite to cover more, and noticed that
we weren't aborting if a command failed.  That made the tests somewhat
less useful, so let's fix it.

Closes: #321
Approved by: jlebon

summary: Fix a typo

The --gpg-sign parameter will be used for signing the summary, not the
commit. This probably was copy-pasted from the ostree commit command.

Closes: #320
Approved by: cgwalters

glnx porting: Port away from gs_file_get_basename_cached()

In some cases we use glnx_basename(), in others we already had a
`GFileInfo` around with the name.

Closes: #316
Approved by: jlebon